Organisasi di Balitbangwas PIAT disusun atas kebutuhan untuk memenuhi tugas Balitbangwas PIA. Organisasi Balitbangwas PIAT bersifat efisien dan fleksibel untuk mengantisipasi perubahan yang terjadi karena berbagai kebutuhan.

Balitbangwas PIAT dipimpin oleh seorang Ketua. Adapun, untuk mencapai visi, misi serta tujuan Balitbangwas PIAT, maka dibentuk 4 (empat) biro.